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Test di laboratorio UW di impatto sulle tendenze di Covid nelle comunità del Wyoming

Due persone che lavorano nel laboratorio

Megan Matthews di UW, a sinistra, e Alexys McGuire iniziano a testare i campioni di impatto con la macchina QIAGEN QIAcube Connect, che estrae automaticamente gli acidi nucleici. (foto UW)

Il laboratorio dell’Università del Wyoming sta testando il virus che colpisce le città del Wyoming per il virus che causa il COVID-19 per aiutare il Wyoming Public Health Laboratory a identificare le tendenze delle malattie nello stato.

Le acque reflue vengono campionate da circa 30 città del Wyoming, con il laboratorio UW che testa sei comunità e l’altro laboratorio di salute pubblica, afferma Bledar Bisha, professore associato e presidente di scienze animali presso l’UW College of Agriculture and Natural Resources.

Questo sforzo fa parte di una sovvenzione di $ 800.000 dal Dipartimento della salute del Wyoming.

Il processo può indicare se c’è una tendenza all’aumento dei campioni positivi e a maggiori quantità di virus, il che potrebbe indicare se la malattia si sta diffondendo nella comunità. Bisha afferma che il test non determina con precisione il numero di casi.

L’Università di Washington sta testando le acque reflue di Cowley, Dever, Hudson, Laramie, Bindel e Powell. I risultati di quelle città, così come di altre città, sono in https://covidwastewatermonitor.wyo.gov.

I punti con un contorno rosso indicano tassi in aumento. Recentemente, Cowley, Gillette, Green River, Laramie, Riverton e Worland hanno mostrato tassi di aumento.

Il laboratorio UW sta testando due campioni a settimana prelevati 24 ore al giorno dai dipendenti di una città, afferma lo studente laureato Alexys McGuire, di Akron, in Colorado, che sta guidando il progetto e assistito da studenti universitari.

Il test rileva il DNA virale, che è l’acido ribonucleico (RNA). L’RNA bersaglio segnala il virus, afferma Bisha, e il processo di reazione a catena della polimerasi (PCR) utilizzato produce milioni di copie dell’RNA. Il test non copia il virus, solo l’RNA.

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I campioni vengono prelevati prima della lavorazione del mobile. McGuire afferma che i campioni vengono ricevuti durante la notte e incubati a bagnomaria per uccidere qualsiasi potenziale virus al di fuori dei tubi.

“Successivamente, estraiamo l’RNA dal campione e utilizziamo la reazione a catena della polimerasi (PCR) che ci dice quanto del genoma COVID-19 è effettivamente presente in ciascun campione”, afferma McGuire.

Ogni campione richiede dalle quattro alle cinque ore per essere testato.

Si pensa che il COVID-19 sia una malattia respiratoria, ma i recettori a cui si lega il virus si trovano anche nell’apparato digerente. Le persone infette espellono il virus attraverso le feci.

Lo strumento è stato utilizzato per rilevare casi di poliomielite negli anni ’30 e, più recentemente, è stato utilizzato nei paesi in via di sviluppo.

I risultati del Wyoming mostrano le fluttuazioni nella diffusione di COVID-19 nelle comunità.

“Vediamo sicuramente alcune settimane in cui c’è una maggiore prevalenza e talvolta non è così diffusa”, afferma Kelly Woodruff, di Laramie, che supervisiona il laboratorio.

Le tendenze sono cambiate con l’ingresso dei mesi autunnali.

“Abbiamo visto tendenze crescenti che in realtà corrispondono a un aumento del tasso di ricoveri”, afferma Bisha. “Direi che i livelli di ospedalizzazione sono in gran parte tornati al tasso più alto che abbiamo visto al culmine dell’epidemia”.

I tassi sono aumentati a settembre e McGuire afferma che le tendenze nei risultati delle acque reflue sembrano precedere i dati clinici, a volte di settimane, perché i sintomi richiedono tempo per apparire nel corpo.

Le mutazioni virali possono essere rilevate testando specifici acidi nucleici. Bisha afferma che la variante del virus SARS-CoV-2 alla fine del 2020 e all’inizio del 2021 è quasi scomparsa.

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La variante Delta si sta ora diffondendo e Bisha afferma che Delta è molto più contagioso del virus originale. Il test cercherà sequenze specifiche che codificano un unico cambiamento di amminoacidi in un virus a variabile delta.

“Direi che nella nostra zona, la variante è stata identificata nel 99 percento dei casi ora”, afferma Bisha. “Saremo pronti a considerare l’emergere di altre variabili che potrebbero verificarsi. La variabile Mu è una delle variabili che sta diventando più interessante per quelli di noi coinvolti nel monitoraggio e potrebbe diventare la prossima cosa da tenere d’occhio dopo il delta”.

Bisha aggiunge che i virus non vivono per lunghi periodi nell’ambiente.

“Le persone hanno considerato le acque reflue come un mezzo di trasporto e non sono stati registrati casi di trasmissione attraverso le acque reflue”, afferma.

Bisha mette in guardia contro le pratiche sanitarie rilassanti se non vengono trovati campioni positivi nelle acque reflue della comunità.

“Ci possono essere una serie di ragioni per cui il campionamento delle acque reflue non porta a un potenziale picco”, afferma. “Mi raccomando anche contro il panico, adottando misure di salute pubblica basate solo sul campionamento delle acque reflue”.

Dice che il test è uno strumento predittivo che valuta le tendenze e dovrebbe essere supportato da test clinici e altri metodi di supporto alla valutazione della comunità.

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