Da Orsina Fiorentini 
Broken String Biosciences (“Broken String”), una società di genomica che sta costruendo una piattaforma tecnologica per promuovere lo sviluppo di terapie cellulari e geniche più sicure in termini di progettazione, ha annunciato oggi il lancio del progetto INDUCE-seq.™ La tecnologia di mappatura del DNA è stata utilizzata in un documento sottoposto a revisione paritaria per caratterizzare gli effetti fuori bersaglio dell’editing genetico CRISPR-Cas9 derivanti da cambiamenti nella topologia del DNA. Pubblicato in Cellula molecolareLa ricerca evidenzia la topologia del DNA come un regolatore chiave della specificità del targeting CRISPR che deve essere attentamente considerata durante lo sviluppo di terapie basate su CRISPR.
Dalla sua scoperta, il sistema CRISPR-Cas9 ha consentito ai ricercatori di ottenere modifiche precise al DNA in quasi ogni punto del genoma. Tuttavia, il pieno potenziale di questo sistema come strumento clinico è stato limitato da effetti fuori bersaglio.
Il nuovo studio è stato scritto in collaborazione da un team di scienziati, tra cui i co-fondatori di Broken String, il professor Simon Read e Patrick van Eck, Ph.D. Nell’ambito della ricerca, il team ha analizzato l’effetto dei cambiamenti nella struttura del DNA, sotto forma di superavvolgimento negativo, sugli effetti fuori bersaglio di Cas9. Utilizzando un approccio di misurazione fuori bersaglio senza cellule, il team ha determinato che il superavvolgimento negativo causava fino a 10.000 eventi fuori bersaglio in tutto il genoma che si formavano come risultato di una maggiore tolleranza al disadattamento. INDUCE-seq ha confermato questi risultati nelle cellule geneticamente modificate, dimostrando che i siti con un aumento del nodo sopraelicoidale erano più suscettibili all’induzione fuori bersaglio nelle cellule viventi.
Questo studio dimostra l’importanza di misurare l’attività di editing genetico fuori bersaglio direttamente nelle cellule da modificare. “Chiaramente ci sono fattori che influenzano l’attività fuori bersaglio nelle cellule, come la torsione superelicoidale nella struttura del DNA, che non può essere prevista in silico utilizzando la sola analisi della sequenza del DNA.”
Professor Simon Read, Direttore scientifico, Broken String Biosciences